Hedef malzeme manyetikse magnetronun etkisi önemli ölçüde azalacaktır çünkü manyetik alan çizgileri hedef malzeme tarafından perdelenir ve hedef malzemenin yüzeyinin üzerinde bir manyetik alan oluşturmak için içinden geçmek zorlaşır. Manyetik malzemelerin püskürtülmesinde, manyetik alan çizgilerinin içinden geçmesine ve hedef yüzey üzerinde bir magnetron etkisi yaratmasına izin vermek için, magnetron hedefinin manyetik alanı bir yandan daha güçlü olmalı ve diğer yandan hedef malzeme daha ince yapılmalıdır.
Kullanılan güç kaynağına göre magnetron püskürtme ekipmanı genel olarak DC püskürtme ve radyo frekansı püskürtme olarak ikiye ayrılabilir. DC magnetron püskürtme sırasında anot substratı ile katot hedefi arasında bir DC voltajı sağlanır. Elektrik alanının etkisi altında, katyon hedefi bombardıman eder ve püskürtme oranı genellikle oldukça yüksektir. Bununla birlikte, DC püskürtme genellikle yalnızca metal hedefler için kullanılır çünkü yalıtkan hedeflerde "hedef zehirlenmesi" olarak adlandırılan olay meydana gelir. Hedef yüzey üzerinde biriken pozitif parçacıklar sayesinde püskürtme hızı azalır. Magnetron püskürtme ilkesi şu şekildedir: Elektronlar bir elektrik alanının etkisi altında hızlanıp alt tabakaya doğru uçtukça, argon atomlarıyla çarpışarak iyonlaşırlar. Bunu yaparken de çok sayıda argon atomu ve elektron oluşur. Elektrik alanının etkisi altında, argon iyonları hedefin bombardımanını hızlandırarak birçok hedef atomu püskürtür. Nötr hedef atomlar (veya moleküller) daha sonra bir film oluşturmak üzere alt tabaka üzerinde biriktirilir. Hızlanıp alt tabakaya doğru uçtukça, ikincil elektronlar, manyetik alanın Loren manyetik kuvveti tarafından hedef yüzeye yakın plazma bölgesinde sınırlandırılır. .
Bu alan çok yüksek bir plazma yoğunluğuna sahiptir. Manyetik alan ikincil elektronların her yerindedir. Hedefin yüzeyi bir daire şeklinde döner. Elektronun hareket yolu çok uzundur. Hareket ettikçe sürekli olarak argon atomlarıyla çarpışır, bu da yüksek sayıda argon iyonunun iyonize olmasına ve hedef malzemeyi bombardıman etmesine neden olur. Elektronların enerjisi, birkaç karşılaşmadan sonra sürekli olarak düşer ve onları manyetik kuvvet çizgilerinin kısıtlamalarından kurtarır. sonunda hedeften çıkarıldıktan sonra alt tabaka üzerinde biriktirilir.
